Kapatılan Fazilet Partisi’nin yerine Saadet Partisi kuruldu. Ancak SP’nin üyelerinden Recep Tayyip Erdoğan, Abdullah Gül ve Bülent Arınç’ın başını çektiği bir grup, partiden ayrılarak, 2001 yılında Adalet ve Kalkınma Partisini kurdu.
2001 Krizi’nden sonra ağır darbe alan hükümet, erken seçim kararı aldı. 2002 genel seçimlerinde AK Parti birinci çıkarak, tek başına iktidar oldu. Cumhurbaşkanı hükümeti kurma görevini Abdullah Gül’e verdi ve Abdullah Gül başbakanlığında Ak Parti Hükümeti kuruldu. Siyaset yasağı bulunan Recep Tayyip Erdoğan, CHP’nin de desteğini alarak, anayasa değişikliği sonrası siyasete döndü. 9 Mart 2003’te yapılan Siirt seçiminde milletvekili olarak meclise girdi ve 15 Mart 2003’te başbakanlık görevini üstlendi.
2003 yılında ABD Koalisyonu’nun Irak’a müdahalesi öncesi Türkiye’de 1 Mart Tezkeresi Krizi yaşandı. Hükümetin tezkerenin geçmesi yönündeki çabasına karşılık, TBMM tezkereyi reddetti. Akabinde Kuzey Irak’ta ABD ile Çuval Krizi yaşandı.
2004’te Annan Planı çerçevesinde Ak Parti Hükümeti’nin de desteklediği referandum Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti’nin aksine Güney Kıbrıs Kesimi tarafından reddedildi.
AB ile Türkiye arasında 2002-2005 yılları arasında 8 uyum paketi, 2 anayasa paketi TBMM’de kabul edildi. 3 Ekim 2005’te katılım müzakerelerine başlanmış ve 16 fasıl müzakereye açılmıştır.
16 Mayıs 2007’de Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer’in görev süresinin dolması karşısında Ak Parti, dışişleri bakanı Abdullah Gül’ü aday gösterdi. CHP, TBMM’de cumhurbaşkanlığı seçimi için yeter sayısının 367 olması iddiasıyla Anayasa Mahkemesi’ne başvurdu. TBMM’de cumhurbaşkanı seçilemediği için erken genel seçime gidildi. Bu dönemdeki Nisan ve Mayıs’taki laiklik vurgusu öne çıkan Cumhuriyet Mitingleri düzenlendi.
2007 seçim sonucunda Ak Parti oyların G’sini aldı ve MHP, meclise girdi. CHP’nin protestosuna rağmen MHP’nin dolaylı desteğiyle Abdullah Gül, 3. tur oylamada cumhurbaşkanı seçildi.
2007 referandumu ile cumhurbaşkanının 5 (+5) yıllığına halk tarafından seçilmesi kabul edildi.
12 Haziran 2007’de Ümraniye’de bir gecekonduya düzenlenen operasyonla Ergenekon Davası başladı. 58’i tutuklu, 150’den fazla şüpheli hakkında silahlı terör örgütü kurmak, hükümeti devirmeye çalışmak, halkı isyana teşvik etmek gibi suçlardan çok sayıda asker, bürokrat ve yazar tutuklandı ve haklarında dava açıldı.
2008 yılında küresel ölçekli ekonomik kriz yaşandı. ABD’deki mortgage ödemelerinde (konut değerinin düşmesi) yaşanan sıkıntı, küresel krize neden oldu. Mortgage sisteminin Türkiye’de gelişmemesi, krizin teğet geçmesini sağladı. Buna rağmen cari açıkla birlikte işsizlik artmış, ihracat azalmış, milli gelir düşmüş ve yoksulluk artmıştır. Sosyal harcamalarla krizin etkisi hafifletilmeye çalışıldı.
2008 yılında üç partinin uzlaşmasıyla yapılan değişiklikle ülkenin on yıllarına mal olan başörtüsü yasağı kaldırıldı. Aynı yıl Ak Parti’ye açılan kapatma davası da reddedildi.
2009 yılında ilk Kürtçe televizyon yayını başladı. BBP genel başkanı Muhsin Yazıcıoğlu helikopter kazası sonucu öldü. Türkiye ile İsrail ilişkilerine “One Minute Krizi” damgasını vurdu.