Uygurlar, Göktürklerin iç mücâdelesinden yararlanarak, ayaklandılar ve Göktürk Devleti’ni yıktılar. 745'te Ötüken merkez olmak üzere Uygur Hakanlığını kurdular. Dokuz-Uygur uruğundan birlik kurdurlar. Çince kaynaklarda geçen uruglar Yaglakar, Uturlar, Kürebir, Bagasıgır, Ebirceg, Hazar, Huvusu, Yagmurkar, Ayabire’dir. Uygurların idaresi altındaki Dokuz-Oğuz birliği de Buku, Hun, Bayırku, Tongra, Sıkar, Kipi, Apusse, Kulunvuku ve Ediz’dir. Dokuz urugdan oluşan Uygur boyu, Dokuz Oğuz boyunun da ilâvesiyle boy sayısı ona yükselerek, On-Uygur şeklinde anılmaya başlanmıştır. Basmil ve Karlık boylarının da katılmasıyla birlik sayısı on bire yükselmiş ve her boy birer bey ve on bir ilteber tarafından idare edilmiştir.
Türk tarihinde ilk defa şehirler kurmuş ve mimari eser bırakan Uygurlar, onsekiz harften oluşan alfabeyi kullanmışlardır. Türeyiş ve Göç destanları Uygurlara ait olup, orta oyunu da Uygurlardan gelmektedir. Uygurların konuştuğu Hakaniye Türkçesi ile Alî Şîr Nevâyî’nin Çahardivan’ı ve Hemse’si, Kaşgârlı Mahmud’un Divan-i Lügatit Türk”ü, Yusuf Has Hacip’in Kutatgu Bilig’i, İmam-ı Ebü’l-Fütuh’un Tarih-i Kaşgar’ı yazılmıştır.
Büyük Göktürk Kağanlı’ğından sonra Tumitu liderliğinde devletleşme sürecine girmiş, ancak İkinci Göktürk Hakanlığı’nın kurulmasıyla bu gerçekleşmemiştir. Uygurlar, 744’te Basmil ve Karluklar ile birlik oluşturarak, Göktürk Hakanlığı’nı yıkmıştır. Daha sonra kendi içindeki mücadeleyi kazanan Uygur lideri Kutluk Bilge Kül Kağan unvanıyla Uygur Kağanlığı’nı kurmuştur.
751’de Araplar ile Çinliler arasında yapılan Talas Savaşı’nda Karlukları, Araplara yardıma göndererek, Çinlilerin yenilmesini sağlayan Uygurlar, bir süre Çin’in içişlerine de karışmıştır. Ancak bundan sonra Uygurların maniheizmden etkilendikleri görülmektedir.
840 yılında Uygur Kağanlığı, Kırgızlar tarafından yıkılmıştır.
Kansu bölgesine göç eden Uygurlar, bağımsız bir devlet kuramadan Çin’e bağlı olarak yaşamışlardır. Sarı Uygurlar olarak anılıp, Budist dinine mensup olarak yaşamaktadırlar. Bugün 20 bin civarında nüfusları vardır.
Tufan bölgesine göç eden Uygurlar, burada Tufan Uyguları adıyla yarı bağımsız bir devlet kurdular. Karahanlılar’dan etkilenerek İslamiyet’i seçtiler. 1207’de Moğollar tarafından devletleri yıkılınca, Moğol Devleti’nde etkin olarak rol oynadılar. 1514’te Saidiye Uygur Devleti, zamanla merkezi Kaşgar olan Hocalar Devleti’nin etkisine girerek, 1979’da Kalmuklar tarafından yıkılmıştır.1759’da da Hocalar Devleti, Mançu-Çin istilasına uğramıştır. 1863’te Mehmet Yakup Bey, bağımsızlığını ilan ederek, Osmanlı İmparatorluğu’na tabiyetini bildirmişse de, Yakup Bey’in ölümüyle 1878’de Doğu Türkistan, Çinliler tarafından işgal edilmiş ve Sincan, 19’uncu eyalet olarak doğrudan Çin’e bağlanmıştır. 1933’te kurulan Doğu Türkistan İslam Cumhuriyeti, 1944’te kurulan Doğu Türkistan Cumhuriyeti, Çinliler tarafından yıkılmış ve 1949’da da tamamen işgal edilmiştir.
Bugün Uygular, Çin Halk Cumhuriyeti tarafından 1952’de kurulup, adı olan, ancak yetkisi olmayan Sincan Uygur Özerk Bölgesi’nde yaşamaktadır. 2009 sayımına göre Doğu Türkistan’ın nüfusu 22 milyon olup, bunun 12 milyona yakın kısmı Uygur Türküdür.